Вы недооцениваете религиозное рвение некоторых людей того времени. На мой взгляд, не было никаких потайных смыслов в организации такой структуры. Зато была масса желающих повоевать против всяких язычников. Ну а поддерживали их те, кто руками этих самых верующих хотел разрешить некоторые проблемы. Этакая крайне специфическая и узкоспециализированная армия наемников получилась. Понятное дело, что в лидерах у них отнюдь не фанатики сидели и неплохо так зарабатывали на своих пристрастиях, но суть оставалась банальной: вот тебе некий набор солдат, которые окромя войны ничего больше и не умеют, вот прекрасное понимание их лидеров, что этим солдатам нужно постоянно давать подпитку в виде идейной составляющей и вот заказчики, в роли одного из которых в определенный момент выступил Конрад. Там, конечно, все было несколько более сложным, но суть такова. По сути, польский князь оказался попросту неспособен решить прусский вопрос самостоятельно и других выходов у него просто не оставалось. Ну а тевтонцы, получив наконец-то полный картбланш, взялись за дело со всем усердием. О геноциде тогда и речи не шло, ибо пруссы рассматривались в качестве врагов, но таких врагов, которых нужно подчинить и обратить своей вере. Ну а дальше просто запустились определенные процессы, приведшие к тому, что орден смог не просто закрепиться на захваченных землях, но основать там собственное государство со всеми вытекающими. А для поддержания государства, понятно дело, нужно его осваивать, в том числе и каким-то образом взаимодействовать с той оравой местных племен, что ему досталась. С учетом того, что многие из пруссов не разделяли идеи "все поляжем, но дадим отпор" своих более воинственных собратьев, и с учетом того, что ордену реально нужны были люди, способные не только мечами размахивать, сдается мне, что в итоге произошла банальное смешение низших слоев общества между собой, в результате чего на этих землях появился новый народ - потомков всякого сброда из числа завоевателей и местных жителей.