Есть у меня подозрение, что баг возник из-за того, что во время мятежа перенёс двор/жену-советника из одного города в другой.

Кстати, у меня ещё в истории Героя с претендентами был один баг. После завершения восстания и замены королевства мятежников на нормальное квест по поддержке претендента оставался висеть. Можно было от него откказаться потом, но это ничего не меняло.

Куда проигравшие короли деваются? остаются как лорды? или исчезают?

Исчезают.