Возможно сейчас буду капитаном очевидность и скажу то, о чем все уже давно догадались, но меня эта мысль посетила только сейчас.
В общем, игра, когда считает силу минорных фракций (джату, змеи, еретики, мистмаунтэны), берет число отрядов, уничтоженных игроком. Но отряды, уничтоженные с помощью игрока (когда он присоединился к битве) к таким не относятся. Соответственно, чтобы миноры не слабели и не вымирали, нельзя самому начинать с ними бой. Надо натравливать их на кого-то и вмешиваться.
Ну и наоборот - если вы хотите истребить миноров, бой всегда должны начинать вы.