Какой-то у тебя сильно перекошенный взгляд на религию. 10 заповедей, например - это очень даже неплохой способ поддерживать правопорядок в обществе, выставляя многие преступления в виде грехов. Причем, в довольно интересном контексте, дескать не царь какой-то запретил, а сам всевышний, а поэтому и отвечать будешь перед ним. Это уже самом по себе довольно интересное во всех смыслах, в том числе и юридическом, решение. А описанные тобой вещи - это уже конъюнктура, появление которой обусловлено необходимостью. То бишь крестовые походы организовывались вовсе не потому, что бог их "предписывал", как раз наоборот: появилась цель, нашлось и обоснование. Мышление в духе "религия нужна только для войны" - это довольно узколобый взгляд. В Средневековье она играла довольно важную роль и в повседневной жизни: культурную, общественную, правовую и т.п. Волей божьей можно было подбить людей делать одно и не делать другое, религиозные праздники позволяли снять общественное напряжение, монахи, имея возможность развиваться, считались наиболее образованным классом и т.д. Да, не все можно реализовать в игре, но говорить о том, что религия в M&B может быть использована только как casus belli - это, все равно что говорить, что топором можно только разрубать мясо.
Что до конкретных способов ее использования, то тут все зависит от того, какая задача ставится. Можно добавить в города священников с определенными задачами (дескать, отпускают грехи, повышают мораль, лечат и т.п.), можно добавить влияние религии на мораль войск и эффективность сбора налогов в городах, можно придумать какие-то уникальные механики с заработком очков влияния, можно в конце концов сделать так, чтобы священнослужители влияли на принимаемые решения. Ну и, в конце концов, просто антураж: вот тут какие-нибудь анималисты сидят, а тут верующие в единого бога у их устои сильно отличаются именно по части религии. Придумать на самом деле можно многое. Тут ведь речь не о конкретных фичах идет в первую очередь, а об антураже. Внешний вид городв и экипировки тоже никак на геймплей не влияет, но создает уникальные черты фракций, а значит и разнообразие.