Rancour, в папке они есть - да. Но эти файлы модом не заменяются. Кстати, я кажется понял в чем ваша проблема. Вы не заменяли старые файлы новыми: вы перенесли старую папку и поставили на ее место новую. Естественно, что после этого у вас начались такие проблемы, ведь мод содержит только часть файлов сцен - те, которые он меняет.