Прекращают, когда у фракции статус становится "уничтожена". Вроде бы в последней версии им добавили медленное восстановление, но я не проверял.
По поводу начатых ГГ сражений - это важно только потому, что армия считается уничтоженной ГГ только если сражение начал он (даже если к нему сразу же подключились союзники).
Когда минорную армию уничтожает кто угодно, но не главный герой, она со временем заспавнится и все. То есть счетчик со временем пополняется и сила минорной фракции легко восстановится. А вот количество убитых главным героем армий - это величина, которая только растет. Поэтому, согласно упрощенной формуле х *(количество армий и отрядов на карте) - у (количество уничтоженных главным героем) уничтожение минорных фракций неизбежно, но только при активном участии главного героя. х и у - это некие коэффициенты, вроде бы зависящие от силы минорных героев, но тут не уверен. Из этого следует, что убийство минорных армий не угрожает популяции змей, если только подключаться к сражениям, а не начинать их. И наоборот, если пришло время их уничтожать, то желательно как можно скорее набрать счетчик убитых армий.
Leonion знает лучше, но я потерял сообщение с его разбором.