Русская Православная Церковь в годы Великой Отечественной войны // Материалы международной конференции «Россия, СССР — XX век», Москва, 3–6 апреля 1990. М., 1990
    Русская Православная Церковь и советская власть в 1917–1927 гг. // Вопросы истории. 1993. № 8. С. 40–50.
    Kirche und Kommunistischer Staat // Osteuropa. 1993. № 11. S. 601–609 (совместно с М. Венером).
    Русская Православная Церковь в 1927–1943 гг. // Вопросы истории. 1994. № 4. С. 35–47.
    Русская Православная Церковь в Великой Отечественной войне // Историки мира спорят / Сборник «Россия в ХХ в.». М., 1994. С. 44–62.
    Красные конквистадоры. М., 1994 (совместно с П. Н. Кнышевским).
    Жребий митрополита Сергия (Воскресенского) // Наука и религия. 1995. № 5. С. 20–25.
    Зима 1922-го: К вопросу об изъятии церковных ценностей // Свет Евангелия. 1996. № 8. С. 2–4.
    Сценарист и исполнители: (К 50-летию Львовского Собора) // Свет Евангелия. 1996. № 8. С. 4–6.
    Русская Православная Церковь и коммунистическое государство. 1917–1941: Сборник документов. М., 1996 (отв. составитель и автор вступительных статей перед разделами).
    Русская Православная Церковь и проблемы реституции // Сборник материалов ежегодной богословской конференции Православного Свято-Тихоновского института. М., 1996. С. 414–416.
    Жребий митрополита Сергия (От «Декларации» до «Памятной записки») // Там же. 1997. С. 174–186.
    Христианские вероисповедания и государственная власть в России в XVIII — первой половине XX в. // Отечественная история. 1998. № 3. С. 155–164 (совместно с Я. Н. Щаповым, П. Н. Зыряновым, А. В. Ковальчуком, В. А. Кучумовым, С. Г. Яковенко).
    Русская Православная Церковь: Дни тревог и надежд. 1917–1941. Милан, 1999.
    Русская Православная Церковь в политике Советского государства. 1943–1948 гг. М., 1999 (Изд. 2, доп.: М., 2001).
    Русская Православная Церковь и экуменическое движение: Исторические аспекты проблемы // Церковно-исторический вестник. 1999. № 2/3. С. 82–86.
    Церковь в 20–30-х гг. в истории России ХХ века // Москва; Тамбов, 1999. С. 111–121.
    Il metropolita Nicodim e la sua epoca // La nuova Europa. 1999. N 2. Р. 22–30.
    Внешняя политика Советского государства и Русская Православная Церковь: 1943–1948 гг. // Труды Института российской истории РАН. Вып. 2. М., 2000. С. 339–347.
    Особенности религиозной жизни на временно оккупированной территории // Церковь в истории России: Сборник. Вып. 4. М., 2000. С. 226–248.
    Дело архиепископа Варфоломея, или «Человек-загадка» против Русской Православной Церкви // Альфа и Омега. 2000. № 4. С. 192–206.
    Государство, Русская Православная Церковь и экуменизм // Исторический вестник. 2000. № 2. С. 115–119.
    Проблемы прозелетизма в России конца ХХ в. // Исторический вестник. 2000. № 5–9. С. 254–265.
    Русская Православная Церковь и внешняя политика Советского госсударства // Советское общество: Будни холодной войны: Сборник материалов. М.; Арзамас, 2000. С. 254–283.
    Русская Православная Церковь в Великой Отечественной войне: Вклад в дело Победы // Великий подвиг народов: Сборник материалов. Минск, 2000.
    Православие в ХХ в. М., 2001. С. 124–150.
    Русская Православная Церковь и Второй Ватиканский Собор // Соборность. 2001. № 6.
    К истории канонического права и церковного суда в новейший период // Исторический вестник. 2002. № 1(16). С. 162–176.
    Тридцать лет спустя… К истории Поместного Собора 1971 г. // Церковь в истории России. Сб. 5. М., 2003. С. 314–323.
    Митрополит Сергий (Страгородский): Штрихи к портрету // Альфа и Омега. 2002. № 1. С. 136–163.
    Монашество и монастыри в России. XI–XX вв. М., 2002 (коллективная монография).
    Февральская пресс-конференция митрополита Сергия иностранным корреспондентам: Историческое наследие и материал для исторического осмысления // Альфа и Омега. 2002. № 3. С. 131–138.
    «Чувствую себя нервным от общего хода церковных дел…» // Там же. 2003. № 2. С. 233–246.
    «Церковный сталинизм»: Легенды и факты // Там же. № 4. С. 199–205.
    Русская Православная Церковь и Второй Ватиканский Собор. М., 2004.
    Осень патриархов // Православный Палестинский сборник. 2004. С. 28–56.
    О церковном праве в новейший период истории Русской Православной Церкви // Религии мира. М., 2004. С. 219–234.
    История религий в России: Учебник. М., 2004 (отв. редактор и автор раздела).
    Духовенство на войне // Приход: Православный экономический вестник. 2005. № 5. С. 23–28.
    Русская духовная миссия: От прошлого к настоящему // Альфа и Омега. 2005. № 3. С. 144–152.
    Власть и Русская Православная Церковь (1945–1991 гг.) // Польша — СССР, 1945–1989 гг.: Избранные политические проблемы, наследие прошлого. М., 2005. С. 319–328.
    Второй Ватиканский Собор и Русская Православная Церковь: Решения и исторические последствия // Церковь в истории России. Сб. 6. М., 2005. С. 308–335.
    Государственно-церковные отношения хрущевского периода // VITTORIO: Международный научный сборник, посвященный 75-летию Витторио Страды. М., 2005. С. 280–302.
    Иорданская духовная миссия: Правда и вымысел // Альфа и Омега. 2005. № 4. С. 144–153.
    Русская Православная Церковь и проблемы толерантности сегодня // Предание в церкви. М., 2005. С. 145–180.
    Декларация 1927 г.: Вымыслы, правда, споры // История Русской Православной Церкви в ХХ в. Т. 1. Мюнхен, 2005. С. 78–92.
    Принципы канонизации в новейшей истории Церкви // Святые и святость в истории России. М., 2006. С. 62–71.
    Поместный Собор 1971 г.: Правда и вымысел // Альфа и Омега. 2006. № 1(45). С. 67–91.
    Поместный собор 1971 г.: Вопросы и размышления // Альфа и Омега. 2006. № 1(45). С. 167–184.
    Православная Церковь в Америке: К вопросу об автокефалии // Там же. № 2(46). С. 166–173.
    Спустя полвека... (наша общая история): [Возвращение Тихвинской иконы Божией Матери] // Там же. № 3(47). С. 46–59.
    Церковь и власть в XX в. // Меневские чтения: Церковная жизнь XX века: Протоиерей Александр Мень и его духовные наставники. Сергиев Посад, 2007. С. 39–50.
    Образ новомучеников в истории России // Государство, религия, Церковь в России и за рубежом. М., 2008. № 3/4. С. 21–82.
    Русская Православная Церковь: ХХ в. М., 2008 (совместно с А. Л. Бегловым, А. В. Журавским, Д. В. Сафоновым, В. И. Петрушко, С. Л. Фирсовым).
    Русская Православная Церковь в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.: Сборник документов. М., 2009 (совместно с Л. А. Лыковой).
    «Нам предстоит многие и нелегкие труды совершить…» // Приход: Православный экономический вестник. 2009. № 2(86). С. 3–9.
    Актуальные проблемы церковной жизни // Там же. 2009. № 3(86). С. 15–28.
    Религии России: Учебное, справочно-аналитическое пособие по вопросам государственно-конфессиональных отношений и религиеведению. М., 2009 (совместно с В. В. Шмидтом).