Столкнулся с похожей проблемой. Автозапуск не запускался, запуск файла setup.exe вручную тоже ни к чему не приводил, копирование файлов на жесткий диск, с последующим запуском сетапа с винта, так же ни к чему не приводил. В процессе поиска решения обнаружил, что после запуска сетапа в диспетчере задач повисали два процесса:wowexec.exe и setup.exe. Причем они, судя по диспетчеру задач, не потребляли ни процессорное время ни оперативную память, в общем, висели где-то между небом и землей. Проблема решилась запуском сетапа из безопасного режима (F8 при старте загрузки винды). В безопасном режиме проблем не возникло, все просетапилось и пропатчилось с первого раза. Проблема, по всей видимости, в одной из запускаемых при старте винды службе или программе, возможно, что это демонтулс, а может антивирь или еще чтонить. В общем если у кого возникнет схожая проблема, добро пожаловать в безопасный режим =)
З.Ы. Можно в принципе добавить в фак, чтобы народ не мучался в будущем, а то я пол дня угробил, чтобы понять что к чему =)