Вряд ли это возможно, наверняка невозможность сменить эти клавиши прописана на уровне модульной системы.
Вообще даже не представляю как ты управляешься с другими клавишами, если передвижение у тебя на стрелках, это же дико неудобно. Могу дать один совет-ставь управление по умолчанию и переучивайся, я когда то давно тоже предпочитал стрелки, но довольно быстро переучился и так правда удобнее. Ну или не садись за руль лодки 
Во всех FPS так играю. Именно в этой игре управляю так: приседаю - правой clrl, оружие выкидываю - правым shift, подпрыгиваю - del, переключаю вид камеры с первого на третий лица - end, режим обзора мышкой без поворота телом - ins, поднять оружие или влезть на коня - enter. Боевые выкрики, поднятие рук, переключение ходьба/бег - назначены на правом циферблате. +модель моей мышки имеет много кнопок для всех остальных боевых действий (включая даже пинок ногой)
Это удобно!
Может все таки можно какой-нибудь текстовый файл найти чтобы изменить клавиши управления лодкой, а то присесть или даже зажать "ins" во время управления лодкой, не помогает остановить бег персонажа. Правда если натренироваться то можно наверное сбрасывать клавиши настроек ходьбы, при посадке в лодку, за 10 секунд и обратно менять 10 секунд при покидании лодки, чтобы снова бегать стрелочками.
Дело в том, что люблю играть на сервере Pirate Battle, а там весь гемплей построен именно на катании на лодках.