Во всем нужна мера - это понятно. Мне вот, к примеру, очень нравится система учета квестов в Skyrim (если не брать в расчет убогий интерфейс игры), где все сделано ненавязчиво, но при этом вполне ясно и очевидно. Все нужное отдельно в виде отдельных цепочек, всю муть в разное, куда в принципе можно не залазить, если не хочется. Но в M&B такая система в чистом виде невозможна, так что автоматическими я разве что сделал бы какие-нибудь отдельные квесты, связанные с сюжетными миссиями, да и то в том случае, если они привязаны к посещению определенного места.