Все зависит от организации структур данных внутри игры. Если есть набор данных и параметров, которые генерируются при нажатии кнопки "новая игра" и в систему генерации были внесены изменения, то всё, что использует эти данные будет либо не работать, либо работать криво. К сожалению, кода игры в открытом доступе нет, поэтому однозначно утверждать: "Да, влияет" или "Нет, не влияет" я бы не стал. Так что тут каждому своё, но играя в бета-версию игры лично я предпочитаю начинать новую игру с выходом каждого патча, т.к. очевидно, слишком много механик перекраивается и достаточно много новых добавляется.
Мой опыт это подтверждает.
Субъективное восприятие

Элементарный пример: голые НПС. Патч номер N это исправил, но играя с сейва НПС по прежнему голые - исправление не работает. А если начать новую игру - будут одетыми, исправление работает. Это просто самый наглядный пример. А сколько всего есть ещё, чего вот так, на вскидку не видно? Я не знаю, а вы?