Мордор был защищён с трёх сторон горными цепями, устроенными примерно прямоугольно: «Ered Lithui» на севере, «Ephel Dúath» на западе, и неназванный (или возможно все еще называемый Ephel Dúath) хребет с юга. В северо-западной части Мордора глубокая долина Удун была единственным входом для больших армий, и это то место, где Саурон построил Чёрные Ворота Мордора, хотя возможно, что эти ворота были построены или эльфами или Нуменорцами с целью удерживать зло в пределах Мордора. Башни Зубов помещены позади Черных Ворот, и были построены Гондором, чтобы укрепить Мордор в течение времени мира между Последним Союзом и возвращением Саурона. Перед Мордором лежит Дагорлад или Равнина Сражения. Главная крепость Саурона Барад-дур была в предгорьях Ered Lithui. К к юго-западу от Барад-Дура лежит засушливое плато Гибели Горгорота; на восток равнина Литлад. Узкий проход, ведомый через Ephel Dúath охраняла крепость Минас Моргул (ранее Минас Итиль). Еще более трудный проход охранялся гигантским пауком Шелоб и крепостью Кирит Унгол. Другая известная крепость была Дуртханг в северном Ephel Dúath.
Южная часть Мордора была намного более плодородная, и достаточно влажная, таким образом позволяющее вести сельское хозяйство. В этой части Мордора располагалось море Нурнон.
К западу от Мордора располагалась узкая полоса земли Итилиэн, за которой был город Осгилиат и большая рекой Андуин, к северо-западу Рохан, и к юго-востоку, Кханд.
Флора Мордора — последние растения, сумевшие выжить в этой «умирающей, но еще не умершей» стране (Властелин Колец). Включает в себя «низкорослые деревца», «пучки жесткой серой травы», «сморщенные мхи», «заросли ежевики» и густо растущие кустарники, которые можно было найти около крохотных ручейков, капавших из долин наверху. Сэм и Фродо укрылись за такими кустами ежевики, у которых были длинные острые шипы и крючковатые колючки. Кустарники также имели шипы, которые Сэм описывает как «длиною в фут».
