Лучше по отдельности. В некоторых случаях, даже по частям - например, крепостная стена и башня.
Про анимацию точно сказать не могу, но сомневаюсь. Теоретически можно заменять один объект на другой, но не знаю, можно ли это делать с достаточной скоростью и не будет ли из-за этого тормозов. С отражением тоже все плохо - если, конечно, не появится специалист по HLSL.