Файлы в папке Scene Obj содержат описание того, какие объекты где находятся, какие изменения в ландшафт внесены (не описанные кодом), где текстуры перекрашены... Поэтому удаление указанного файла просто "обнуляет" все результаты художеств в редакторе сцен и ты видишь только то, что описывает код, содержащийся в файле Scenes. Это "девственная" сцена, она не сохраняется и создаётся каждый раз заново, если не тыкнуть чего-нибудь в редакторе сцен и не сохранить изменение.
Спаун врагов, союзников и ГГ описывается в файле missione templates, например в модульке идёт блок типа
(1,mtef_defenders|mtef_team_0,0,aif_start_alarmed,12,[]),
(0,mtef_defenders|mtef_team_0,0,aif_start_alarmed,0,[]),
(4,mtef_attackers|mtef_team_1,0,aif_start_alarmed,12,[]),
(4,mtef_attackers|mtef_team_1,0,aif_start_alarmed,0,[]),где 1, 0 и 4 это точки входа. Информация о них была как раз в удалённом тобой файле. В отсутствии этой информации все спаунятся от балды (если память мне не изменяет), но ГГ вроде в центре сцены должен всегда вылупляться, а врагам движок вычисляет некоторое удаление от него. {вот насчёт последнего предложения не уверен на все 100%, могу напутать

, не исследовал этот вопрос}