не понял как сзывать бояр под свои знамена
У маршала в разговоре с вассалами есть пункт, примерно звучащий так: "Я собираюсь в поход, давай соберём здесь армию". Не дословно, но как-то так.
войны с запорожцами нет, они просто почему-то против меня воюют
Это означает, что ваш ГГ лично ушёл в минус в отношениях с запорожцами (например, караваны грабил запорожские или деревни жёг), и они мстят лично вашему ГГ, не имея претензий к Московскому Царству, как к таковому. Это ваша личная война, московские дворяне не будут вам в ней помогать.
Есть ли смысл сражаться с вражескими отрядами в поле?
Ну, конечно, есть. Это и опыт, и деньги, и известность. Такие же, как и при осадах. Кроме того, разбитые в полях вражеские лорды возрождаются в своих крепостях без армии и тратят некоторое время на сбор новых воинов. Новые воины преимущественно низкоуровневые. В итоге общая сила всех армий противника непрерывно уменьшается. Но если вы поставили целью вынос фракции противника, то лучше действительно сосредоточиться на захвате всех владений противника. Когда городов и крепостей у них не останется, поверженным лордам станет негде возрождаться. Останется разбить противников в полях - и фракции засчитывается поражение.