Не сообщение о том, что состав модов изменился, а именно ошибка? Собственно говоря, в первую очередь из подборки я бы убрал именно тот мод, который не дает игре загрузится в случае его отсутствия. Правда, я так понимаю, в вашем случае это все модификации на изменение фракций. Тут, конечно, и хочется и колется, но я бы не стал ставить подобные проекты в принципе пока игра не стабилизируется.