стоит ли мне открывать шахты с оружием или ну их?
ИМХО, к черту рунное куалисное оружие.
Оно, конечно, супер, но и без него полно отличного оружия.
Из того же нолдорского лука или при помощи какого-нибудь runed bastard sword при хорошей раскачке можно любых противников ваншотить/ванхитить, даже рыцарей. Ну, нолдоры-твайлайты и демоник магнусы не в счет.
На куалисы - напитки и только напитки. Ну, еще можно на ордены приберечь и на магазин торговца нолдорским шмотом из Ларии.
с какими городами тоже такие нападения происходят?
С любыми, с какими пожелаете.

Просто притащите сильный враждебный уникальный спавн к городу, покрутитесь рядом с ним туда-сюда, и в конечном итоге спавн на него нападет.
Там вроде только 1 эликсир за всю игру? Если да, то он, думаю, стоит того, чтобы потратить на него 1 Куалис.
Какой один? Да их хоть всю игру пить можно.
Я на особо задротких прохождения доводил все статы где-то до 60 (все очки - только в интеллект, остальное на куалисах).
П.П.С. Кстати, если помочь типу, который должен был стать королем/королевой, но ..., то можно его кинуть в конце и самому захватить государство?
Как будто устраивать бунт проще, чем начинать свое королевство.
Лучше либо играть за фракцию, аккуратно завоевывая и требуя себе нужные замки и города, и в конечном итоге бунтуя самому, когда король сочтет что "хватит ему уже", либо сразу начинать свое "дело" где-нибудь в Марлеоне или Ларии (нолдоры и джату рядом).
Раз Империя разжирела, перейдите на службу в какую-нибудь другую фракцию, слабую, и там уже аккуратненько начинайте коллекционировать замки и города.